NLI působí jako odborná organizace Ministerstva zemědělství pro oblast lesnictví a myslivosti. Působnost ústavu je celorepubliková, ústředí sídlí v Brandýse nad Labem. Jednou z hlavních činností organizace je provádění Národní inventarizace lesů od roku 2015 v podobě projektu Sledování stavu a vývoje lesních ekosystémů. NLI vede centrální databázi s informacemi o lesích ČR, lesním hospodářství a myslivosti.
Historie dnešního NLI se začala psát v roce 1935, kdy byla z podnětu tehdejší vlády založena samostatná Lesní taxační kancelář se sídlem na zámku v Brandýse nad Labem. Podle potřeb doby se náplň ústavu i jeho název různě měnily, vždy však bylo jeho posláním, v souladu s rozhodnutími zřizovatele, kterým i tehdy, v roce 1935, bylo Ministerstvo zemědělství, sloužit rozvoji lesního hospodářství, zejména v oblasti hospodářské úpravy lesů a poskytování informací o lesních ekosystémech v naší republice.
